Doküman No

Yayın Tarihi

Revizyon No/ Tarihi

Sayfa No

RH.01

02.01.2023

00/ 00.00.0000

1/ 15

TEST REHBERİ

1. GİRİŞ

Bu rehberde Biyo-Gen Genetik Hastalıklar Değerlendirme Merkezi’nin işleyişi, testler, tetkik girişinden sonuçların gönderilmesine kadar olan süreç, laboratuvarın analitik kalite çalışmaları, testlerin çalışma yöntemleri, çalışılma zamanları, teste göre örnek türü / örnek kabı seçimi, örneklerin kabul / ret kriterleri, sonuçların raporlanma zamanları, normal değerleri, varsa panik değerleri ve kısaca testlerin klinik yararları hakkında bilgilere yer verildi.

2. LABORATUVAR İŞLEYİŞİ

   1. TEST İSTEM VE GİRİŞLERİ

Merkezimize ayaktan gelen hastalarda hasta genetik uzmanımız tarafından muayene edildikten sonra test istem formundan doktorun uygun gördüğü test işaretlenerek ve gerekli bilgiler girilerek test istemi yapılır. Dışarıdan gelen numunelerde ise gönderen merkezdeki ilgili doktor tarafından test istem formuna işaretlenerek yapılabilir veya test istem formuna işaretlenmiş örnekler alınır.

Hastalardan alınan test materyalleri veya dışarıdan gelen test numuneleri laboratuvara ulaştıktan sonra hasta ve numune kabul personeli tarafından teslim alınır. Dışarıdan kargo ile merkeze ulaşan numuneler kargo teslim formu doldurularak teslim alınır. Gerekli ön işlemlerden sonra ilgili personel red/kabul kriterlerine göre örnek kabulü ya da reddi yapar.

2. ÇALIŞILAN TESTLERE AİT ÖRNEKLERİN ALINMASI İLE İLGİLİ KURALLAR

   1. Örnek Alımı Öncesi Testlere Yönelik Ön Hazırlık Kuralları

Laboratuvarda çalışılan testler için ön hazırlık gerekiyorsa belirtilmektedir.

2. Örnek Alımı Öncesi Hasta Hazırlık Kuralları

1. Kan örneği için testlere göre uygun örnek tüpü seçimi yapılır, seçilen tüplere hasta ad soyad, istenen test, laboratuvar numarası ve doğum tarihi yazılır.

2. Hasta kan alma koltuğunda dinlendirilirken istenilen testler kontrol edilip hastadan kısa anamnez alınır. Uygunsuz bir durum yoksa kan alma işlemi gerçekleştirilir.

3. Bebeklerin kan alma işlemi öncesinde bebek sedyeye yatırılır, bebeğin sakinleşmesi ve ortama uyum sağlaması beklenirken aileye kan alma işlemi hakkında bilgi verilir. Bir kez denenir eğer başarılı olunmazsa bebek hemşiresi olan bir merkeze kan aldırmak üzere yönlendirilir.

3. Örneklerin Etiketlenmesi

Alınan tüm örneklere barkod yapıştırılır.

4. Örnek Alımı ile İlgili Kurallar

   1. Örneklerin Alınması

Laboratuvara başvuran hastaların örneklerini en uygun koşullarda almak ve çalışmaya hazırlamak amaçlanır.

A) Kan Örneklerinin Alınması- Venöz Kan Alımı

1. Kan alımı sırasında hasta yatar ya da oturur pozisyonda olmalıdır.

2. Kan alımı için tercihen üst ektremite venleri seçilmelidir.

3. İğne ucu mümkün olduğu kadar geniş seçilmelidir.

4. Turnike kolda 30 sn’den fazla sıkılı kalmamalıdır.

5. Turnike iğnenin damara yerleştirilmesinden sonra çözülmelidir.

6. Enjektörle kan alımı sırasında kanın tüpe kuvvetli bir şekilde aspirasyonundan kaçınılmalıdır.

7. Antikoagülan içeren vakumlu tüplere kan alımı sırasında kanın işaretli çizgiye kadar dolmasına dikkat edilmelidir.

8. Antikoagülan içeren tüplere kan alındıktan hemen sonra tüp yavaşça altüst edilerek özenle karıştırılmalıdır. Çalkalama işleminden kesinlikle kaçınılmalıdır.

1) EDTA’lı tam kan

1. Mor kapaklı 2 ml ‘lik K3 EDTA’lı cam tüplere kan alınır.

2. Tüplerin içerisinde pıhtı oluşmaması için kan alınır alınmaz 5-6 kez yavaşça alt üst edilerek karıştırılır. Kan alımı esnasında kanın işaretli çizgiye kadar doldurulmasına dikkat edilmelidir. Örnekler çalışılana kadar buzdolabında saklanmalıdır.

2) Heparinli Tam Kan

1. Kan örneği lityum heparinli yeşil kapaklı tüplere alınır.

2. Kan örneğinin lityum heparin ile karışabilmesi için işaretli çizgiye kadar tam olarak doldurulmalı ve 5-6 kez çok yavaşça altüst edilerek kanın antikoagülan ile tam teması sağlanmalıdır.

B. Amniyotik Sıvı

1. En az 15-20 ml amniyotik sıvı alınmalıdır.

2. Örnek hemen laboratuvara ulaştırılmalı ve hemen çalışılmalıdır. Mümkün olmadığı durumlarda 2-8 °C’de en fazla 3 gün saklanabilir.

C. Koryon Villus Örneklemesi

En az 20 -30 mg koryon villus biyopsi örneği alınmalıdır.

Örnek steril taşıma besiyeri içeren tüp içerisinde hemen laboratuvara ulaştırılmalı ve hemen çalışılmalıdır. Mümkün olmadığı durumlarda 2-24 °’de en fazla 3 gün saklanabilir.

D. Tahliye Materyali

Abort materyallerinde gönderilebilecek örnekler:

• Plasental biyopsi: Umbilikal orijine yakın bölgeden (fetal kökenli) ve en az 1 cm3 parça alınmalı

• Deri biyopsisi: Sırt, bacak veya kalçadan alınan yaklaşık 5 mm2 parça alınmalı

• Kord biyopsisi: Yaklaşık 2 cm parça alınmalı

• Amniyon biyopsisi: Umblikal korda en yakın bölgeden en az 2 cm2 parça alınmalı

Örnek steril taşıma besiyeri içeren tüp içerisinde veya steril falkonda hemen laboratuvara ulaştırılmalı ve hemen çalışılmalıdır. Mümkün olmadığı durumlarda 2-24 °’de en fazla 3 gün saklanabilir.

E. Kemik İliği

Yaklaşık 2-3 ml kemik iliği örneği EDTAlı mor kapaklı tüplere alınır.

Kemik iliği örneğinin EDTA ile karışabilmesi için işaretli çizgiye kadar tam olarak doldurulmalı ve 5-6 kez çok yavaşça altüst edilerek kanın antikoagülan ile tam teması sağlanmalıdır.

F. Fibroblast cilt biyopsisi

En az 1 cm3 biyopsi örneği alınmalıdır.

Örnek steril taşıma besiyeri içeren tüp içerisinde hemen laboratuvara ulaştırılmalı ve hemen çalışılmalıdır. Mümkün olmadığı durumlarda 2-8°’de en fazla 3 gün saklanabilir.

G. Parafin blok kesitleri

Moleküler testler için;

Yaklaşık 15 mg (17μl) parafin bloktan hazırlanmış yaklaşık 10 μm kalınlığında 4-5 kesit hazırlanmalıdır.

Örnekler cama yayılmış veya 1,5 ml’lik ependorf tüpüne konularak gönderilmelidir.

Örnekler oda sıcaklığında (2-24 °) gönderilmelidir.

Moleküler sitogenetik testler için;

FISH testi için parafin blok kesitlerinden yaklaşık 4-6 μm kalınlığında lam üzerine alınmış ve formaldehit ile fiske edilmiş kesitler kabul edilecektir.

En az 2 lam gönderilmelidir.

Örnekler oda sıcaklığında (2-24 °) gönderilmelidir.

Blokların hazırlanması sırasında formaldehit harici fiksatif kullanılmış örnekler, yetersiz miktardaki numuneler çalışmaya alınmayacaktır.

3. ÖRNEKLERİN TRANSFERİ

3. ÖRNEKLERİN LABORATUVARA TESLİMİ, KABULÜ, REDDİ VE AYRIŞTIRILMASI

   1. Örnek Teslim/Kabul Alanlarında Ön Değerlendirme

Laboratuvara gelen örnekler Hasta ve Numune Kabul Birimi’nde kabul işlemleri Numune Red Kabul Kriterleri Listesine göre değerlendirilerek kaydı yapılır. Kaydı yapılan numuneler ilgili Laboratuvar Bölümündeki numuneden sorumlu laboratuvar personeline teslim edilir. Bu süreçte numuneler Numune Red Kabul Kriterleri Listesine göre tekrar gözden geçirilerek laboratuvar personelleri tarafından numune teslim alanından teslim alınır. Ön değerlendirmede; LİS’den yapılan test isteklerine bakılarak örnek kabının uygunluğu, örnek miktarı, etiketleme vb. kontrolü yapılır. Uygun olmayan örnekler sistemden red edilir ve yeni örnek istenir. Red edilen örneklerin iadesi istenmişse Hatalı Numune İade Tutanağı ile iade edilir.

2. Örnek Red/Kabul Kriterleri

NUMUNE KABUL KRİTERLERİ:

Periferik Kan Örneği; Sitogenetik ve moleküler sitogenetik analizler için en az 2-5 cc periferik kan örneği heparinli yeşil kapaklı tüpe alınmalıdır. Örnekler bu testler için 2-24 ° transport ısısında ve alındıktan sonra 72 saat içinde laboratuvara ulaşacak şekilde transport edilmiş olmalıdır. Moleküler genetik (DNA/RNA) analizleriçin en az 2-5 cc periferik kan örneği edtalı mor kapaklı tüpe alınmalıdır. Moleküler genetik testler için 2-24 ° transport ısısında (oda sıcaklığında) ve alındıktan sonra 72 saaat içinde laboratuvara ulaşacak şekilde transport edilmiş olmalıdır.

Kemik İliği Örneği; Sitogenetik ve moleküler sitogenetik analizler için en az 2-5 cc kemik iliği örneği heparinli yeşil kapaklı tüpe alınmalıdır. Örnekler bu testler için 2-24 ° transport ısısında ve alındıktan sonra 72 saat içinde laboratuvara ulaşacak şekilde transport edilmiş olmalıdır. Moleküler genetik(DNA/RNA) analizler için en az 4-10 cc kemik iliği örneği edtalı mor kapaklı tüpe alınmalıdır. Moleküler genetik testler için 2-24° transport ısısında (oda sıcaklığında) ve alındıktan sonra 72 saat içinde laboratuvara ulaşacak şekilde transport edilmiş olmalıdır.

Amniyosentez Örneği; Sitogenetik, moleküler sitogenetik ve moleküler genetik inceleme için yaklaşık 15-20 cc gönderilen amniyosentez örneği steril uygun injektöre alınmış olmalıdır. Siyah contalı injektörler kullanılmamalıdır. Örnek 2-24 ° transport ısısında (oda sıcaklığında) ve alındıktan sonra 72 saat içinde laboratuvara ulaşacak şekilde transport edilmiş olmalıdır.

Koryon Villus Biyopsisi Örneği; Sitogenetik, moleküler sitogenetik ve moleküler genetik inceleme için yaklaşık 20-30 mg gönderilen koryon villus biopsisi örneği steril taşıma besiyeri içerisine alınmış olmalıdır. Örnek 2-24 ° transport ısısında ve alındıktan sonra 72 saat içinde laboratuvara ulaşacak şekilde transport edilmiş olmalıdır.

Tahliye Materyalinden Biyopsi Örneği; Sitogenetik, moleküler sitogenetik ve moleküler genetik inceleme için yaklaşık 1-2 cm3 gönderilen tahliye materyalinden biopsi örneği steril taşıma besiyeri içerisine alınmış olmalıdır. Örnek 2-24 ° transport ısısında (oda sıcaklığında) ve alındıktan sonra 72 saat içinde laboratuvara ulaşacak şekilde transport edilmiş olmalıdır.

Abort materyallerinde gönderilebilecek örnekler:

Plasental Biyopsi: Umbilikal orijine yakın bölgeden (fetal kökenli) ve en az 1 cm3 parça alınmalı

Deri Biyopsisi: Sırt, bacak veya kalçadan alınan yaklaşık 5 mm2 parça alınmalı

Kord Biyopsisi: Yaklaşık 2 cm parça alınmalı

Amniyon Biyopsisi: Umblikal korda en yakın bölgeden en az 2 cm2 parça alınmalı

Cilt Biyopsisi Örneği; Sitogenetik, moleküler sitogenetik ve moleküler inceleme için yaklaşık 1 cm3 gönderilen cilt biyopsisi örneği steril taşıma besiyeri içerisine alınmış olmalıdır. Örnek 2-24 ° transport ısısında (oda sıcaklığında) ve alındıktan sonra 72 saat içinde laboratuvara ulaşacak şekilde transport edilmiş olmalıdır.

Solid Doku Biyopsisi (Tümör) Örneği; Sitogenetik, moleküler sitogenetik ve moleküler inceleme için yaklaşık 5-10 mg gönderilen cilt biyopsisi örneği steril taşıma besiyeri içerisine alınmış olmalıdır. Örnek 2-24 ° transport ısısında (oda sıcaklığında) ve alındıktan sonra 72 saat içinde laboratuvara ulaşacak şekilde transport edilmiş olmalıdır.

Parafin Blok Kesitleri; Moleküler sitogenetik testler için lam üzerine veya ependorfa alınmış kesitler, en az 5 adet kesit, tümör kesitlerinde ek olarak bir tane hematoksilenle boyanmış ve tümör bölgesi işaretlenmiş kesit olarak alınmalıdır. Örnek 2-24 ° transport ısısında (oda sıcaklığında) ve alındıktan sonra 72 saat içinde laboratuvara ulaşacak şekilde transport edilmiş olmalıdır.

Periferik Kandan RNA Eldesi; RNA eldesi için en az 4-10 cc periferik kan örneği edtalı mor kapaklı tüpe alınmalıdır. Numuneler 2-24 ° transport ısısında (oda sıcaklığında) ve alındıktan sonra 72 saat içinde laboratuvara ulaşacak şekilde transport edilmiş olmalıdır.

Vaginal/Servikal Örnekler: Kuru swap veya özel tasıma solüsyonuyla gönderilmelidir.

Boğazdan Alınan Sürüntüler: Kuru swap

Serum: 2-5 ml falkon tüp 2-24 °C

Hastalara ait kimlik ve endikasyon bilgilerine ek olarak yapılacak işlemle ilgili Anamnez&Onam Formu hasta ve hekim tarafından doldurularak örnekle birlikte bölümümüze ulaştırılmalıdır.

Numune kabul saatleri; Pazartesi-Cuma (hafta içi) günleri 09:00-17:00 arasındadır. Uygun zamanda ve koşullarda laboratuvara ulaşmış örnekler kabul edilir.

Endikasyonuna uygun test seçimi yapılmış olan örnek kabul edilir.

Hastaya ait kimlik bilgilerinin, istem formu ve onam formunun doğru ve eksiksiz doldurulduğu örnekler kabul edilir.

NUMUNE RED KRİTERLERİ

1. Yanlış örnek kabında/tüpünde gönderilmiş numuneler kabul edilmeyecektir.

2. 72 saatten daha uzun süre sonra laboratuvara ulaşmış numuneler (likit biyopsi örnekleri için 48 saat) kabul edilmeyecektir.

3. Periferik kandan yapılan çalışmalarda pıhtılaşmış kan numuneleri kabul edilmeyecektir.

4. Örnek tüpleri/ örnek kapları hasar görmüş numuneler kabul edilmeyecektir.

5. Dondurulmuş numuneler kabul edilmeyecektir.

6. Yukarıda önerilen miktarlarda alınmayan numuneler kabul edilmeyecektir.

7. Steril besiyeri içine alınacak numunelerin (amniyosentez, koryon villus biyopsisi, tahliye materyali, solid doku, cilt biyopsisi) steril olmayan koşullarda alınması ve gönderilmesi durumunda numuneler kabul edilmeyecektir.

8. Doku örneklerinin (koryon villus biyopsisi, tahliye materyali, solid doku, cilt biyopsisi) alkol veya formol içerisine alınmış olması durumunda numuneler kabul edilmeyecektir.

9. Parafin blok kesitlerinden yapılacak çalışmalarda formaldehit harici fiksatif kullanılmış numuneler kabul edilmeyecektir.

10. Yanlış endikasyonla gönderilmiş numuneler kabul edilmeyecektir (doktoru ile görüşülerek karar verilir).

11. Hastaya ait kimlik bilgilerinin, istem kağıdı ve onam formunun yanlış veya eksik doldurulduğu numuneler kabul edilmeyecektir.

3. Red Edilen Örneklerin İstatistiki Analizi

Numunenin iadesi istenmişse Hatalı Numune İade Tutanağı üzerinden; numune iadesi istenmemişse Uygunsuz Numune Kayıt Formu üzerinden çalışılır. Laboratuvar aylık hatalı örnek takibi yapılır.

4. Düzeltici Önleyici Faaliyetlerin Başlatılması

Laboratuvar Preanalitik Süreç ile ilgili örnek alma ve taşıma eğitimleri temel düzeltici önleyici faaliyetlerdir.

3. TESTLERİN ANALİZİ

   1. İnternal Kalite Kontrol Çalışmaları

İnternal kalite kontrol çalışmaları ilgili metoda ait Test Çalışma Talimatı’nda tanımlanmış olan kalite kontrol kurallarına uygun olarak yapılır.

2. Testlerin Çalışılması

Her test ile ilgili Cihaz Kullanım ve Bakım Talimatı ve Test Çalışma Talimatları doğrultusunda çalışılır.

3. Panik Değerlerin Bildirilmesi

Panik değer taşıyan testler Panik Değer Listesi’nde belirtilmiştir. Bunlar doğum öncesi tanı ve preimplantasyon tanı için alınan örneklerde (amniyosentez, koryon villus örneklemesi, kordosentez, balstomer/trofoektoderm biyopsisi) patolojik sonuçların saptanması durumudur. Bu durumlarda patolojik sonuçlar saptandıysa testi isteyen klinisyenle görüşülüp hastanın kliniği hakkında daha fazla bilgi alınır ve test sonucu hakkında doktor bilgilendirilerek rapor onaylanır. Panik değer bildirimi ilgili hekim ile görüşüldükten kayıt altına alınır ve e-mail yoluyla da ilgili doktor ve kuruma sonuç ivedilikle gönderilir.

4. Eksternal Kalite Kontrol Çalışmaları

Üyesi olduğumuz eksternal kalite kontrol programının belirlediği takvim günlerinde program dahilinde olan testler için eksternal kalite kontrol örnekleri hasta testleriyle birlikte çalışılır. Eksternal kalite kontrol çalışmaları Kalite Kontrol Programı Prosedürü’ne göre yapılır.

3. ÖRNEK SAKLAMA AŞAMASI

• Numuneler Test Çalışma Talimatları’nda belirtilen sürelerine ve koşullara göre saklanır. Ayrıca Örneklerin Saklanma Süreleri Listesi’nde belirtilmiştir.

• Moleküler genetik testler için DNA örnekleri <+4 ºC, RNA <-80ºC ‘de ve hastaya ait birincil numune Örneklerin Saklanma Süreleri Listesi’nde belirtilen süreyle uygun şartlarda saklanır. İşlemler tamamlandıktan sonra kan numuneleri talimatlara uygun şekilde imha edilir.

• Moleküler enfeksiyon testler için DNA <+4ºC’de ve hastaya ait birincil numune +4-+24ºC’de 1 ay süreyle uygun şartlarda saklanır. İşlemler tamamlandıktan sonra kan numuneleri “İmha Tutanağı” doldurularak “Atık Yönetim Prosedürü’ne” uygun şekilde imha edilir. İleri genetik testlerin kurulması ihtimali için saklanan numunelere (hasta çocuk, ex hasta çocuk) ait DNA örnekleri süresiz saklanır.

• Sitogenetik ve moleküler sitogenetik testler için genetik tanı raporu yazılana kadar hastaya ait heparinli kan, kemik iliği örneği gibi birincil numuneler, hücre pelletleri, preperatlar ve CDM görüntüleri süresiz olarak saklanır. Doku kültürü yapılan örneklerde artan birincil numune varsa Örneklerin Saklanma Süreleri Listesi’ne göre saklanır.

3. SONUÇLARIN ONAYLANMASI

Elde edilen bulgular ilgili personel tarafından değerlendirilir ve sonuç Tıbbi Genetik Uzmanına sunulur. Sonuç onaylandıktan sonra Hasta Kabul ve Raporlama Personeli tarafından rapor hazırlanır.

3. SONUÇLARIN RAPORLANMASI

1. Laboratuvarda çalışılan testler analiz edildikten sonra sorumlu hekim tarafından onaylanır ve onaydan sonra Hasta Kabul ve Raporlama personeli rapor hazırlar. Onaylanan raporlar ilgili hasta/kurum/doktor dikkatine yönlendirilir ve LIMS üzerinden paylaşılır.

2. Doğum öncesi tanı örneklerinde acil FISH test istekleri 3-4 gün içinde çalışılıp onaylanır.

3. Laboratuvar sonuç raporlarında hasta adı soyadı, Lab No/Protokol No, TC Kimlik numarası, Yaşı ve cinsiyeti, Bölüm Adı, Doktor Adı, Kurum Adı, İstek Tarihi ve saati, Laboratuvara Kabul Tarihi ve saati, Onay Tarihi ve saati, Rapor tarihi ve saati, Test Adı, Sonuç, Birim, Referans Değerler, Onaylayan doktor ve hastane adres ve iletişim bilgileri yer alır.

4. Panik değer listesinde yer alan sonuçların raporları doktoruna bilgi verildikten sonra acilen gönderilir.

5. Patolojik sonuçlar olası riskleri ve sonuçları hakkında ayrıntılı bilgi verilerek rapor edilir.

6. Genetik Hastalıklar Değerlendirme Merkezleri Yönetmeliği gereğince prenatal (doğum öncesi) ve preimplantasyon genetik tanı raporlarında cinsiyet kromozomlarındaki kusurlar ve cinsiyete bağlı hastalıklar dışında cinsiyet belirtilmemektedir.

7. Kullanılan kit, yöntem ve cihaz değişikliğinde hemen güncellenir. Referans aralıkları her zaman ulusal ve uluslararası literatürler takip edilerek ve prospektüs bilgileri gözden geçirilerek belirlenir ve güncellenir.

8. Hastalar test sonuçlarını yazılı olarak kurumumuzdan alabilirler. Talepleri durumunda mail yolu ile de sonuçlarına ulaşabilirler.

9. Genetik tanı mevzuatı gereğince raporlanan hasta verileri (raporlar ve analiz görüntüleri) arşivlenerek 30 yıl süreyle saklanır.

3. SONUÇLARIN SAKLANMASI

Genetik tanı mevzuatı gereğince raporlanan hasta verileri (raporlar ve analiz görüntüleri) arşivlenerek 30 yıl süre için saklanır.

3. TÜM TEST LİSTESİ

Ek.1 LS.06 Test Listesi